始兴县博物馆设有保管部、宣教部、保卫部、陈列部、办公室共5个部门，开展日常工作。

办公室：负责公文撰写、文件收发、会务组织、人事档案、对外接待、项目管理、财务审计、公车管理、创文巩卫、物业管理、制度建设、配合馆领导及上级主管部门完成相关工作。

保管部：承担博物馆的藏品保管工作。承担馆外文物征集、捐赠工作。组织或配合开展相关的文物考古调查、发掘工作。开展馆藏文物、地方史、区域考古等研究工作。

陈列部：编制博物馆陈列部工作方案，做好全馆基本陈列、临时陈列、交流展览的策划、设计、实施与宣传。负责展厅内展品、展具的日常管理。做好所有陈列展览资料的收集汇总、档案编制，并进行相应学术研究。

宣教部：负责博物馆日常讲解工作、对外宣传联络工作、各类活动及社会教育工作，文创产品开发工作，配合上级主管部门完成相关工作，并开展相应学术研究。

保卫部：负责本馆安全保卫、技防消防、定期巡查、应急预案编制及突发事件处理等相关工作。